增值税专用发票抵扣联的处理步骤如下：抵扣联经税局认证后，将认证相符的抵扣联、认证结果通知书和清单单独装订成册并保管，以备税务稽查。做账时，将增值税专用发票的记账联附在凭证后面，抵扣联如已认证抵扣则同认证结果通知书一起存放。若收到不得抵扣或非应税项目的发票，或超期未认证的滞留票，未抵扣的抵扣联需单独保管并在备查簿登记。做账主要使用发票联。以上是关于增值税专用发票抵扣联的做账方法。
一、抵扣联的认证与保管
1.抵扣联在税局认证完成后，应将认证相符的专用发票抵扣联、认证结果通知书以及认证结果清单单独装订成册。
2.这些重要文件需要单独保管，以便随时备查，以应对可能的税务稽查。
二、做账流程与文档管理
1.在做账时，应将增值税专用发票的记账联贴在凭证后面。
2.抵扣联的处理方式是，对于可以认证抵扣的发票，在确认认证结果后，需将其与认证结果通知书一起单独存放，以备检查。
3.年末，需要将一整年的增值税专用发票抵扣联和认证结果通知书装订成册，与其他会计档案一起存档。
三、特殊情况处理
1.如果收到用于非应税项目的、不得抵扣进项税额的增值专用发票，或者增值税专用发票超期没有认证，这些发票会被视为滞留票。
2.对于没有认证抵扣的抵扣联，也需要单独保管，并在备查簿上进行登记，以备检查。
做账时实际使用的是增值税专用发票的发票联。
增值税专用发票抵扣联的做账过程包括认证、保管、做账流程以及特殊情况处理等环节。正确的处理有助于企业合理避税、合规运营，也是会计实务中的重要环节。
