当分公司是独立核算时，分公司员工工资应由分公司自行发放。即使总公司要统管，也只能由分公司列支后转款给总公司，由总公司再发到职工个人。职工的工资奖金都是分公司列支的，应由分公司申报个人所得税。
关于税务风险方面，如果总公司在发放分公司人员工资并代扣个税后，直接计入总公司成本费用未要求分公司支付的，符合税法规定，不存在税务风险。但如果总公司要求分公司支付其代发的工资额和代缴的个税，则存在税务风险。特别是当总公司与分公司不在同一地区或由不同的税务所管辖时，有可能因未按税法规定的属地原则纳税而被税务机关检查并予以税务处罚。
值得注意的是，人力成本集中在总部核算并不影响总部的利润，但分公司的利润会相对增加，这是企业核算管理的问题。企业在处理工资发放和税务问题时，应充分了解相关法规和政策，确保合规操作，避免不必要的税务风险。
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