自然人股东股份转让应缴纳个人所得税，计税依据为股权转让价减除股权计税成本和转让过程中的相关税费。股权计税成本是投资入股时的实际出资金额或购买股权时的实际支付金额。部分转让股权的，按转让比例确定计税成本。若计税依据明显偏低，税务机关可核定股权转让收入。如有异议，应提供相关证据。
一、个人所得税的计税依据
在自然人股东进行股份转让时，个人所得税的计税依据是股权转让的应纳税所得额。这一金额是通过扣除股权计税成本以及转让过程中产生的相关税费，从股权转让价中得出的。具体来说，股权计税成本是指股东入股时实际交付给企业的出资金额，或者在购买股权时支付给原转让人的股权转让金额。计算公式为：股权转让应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
二、部分股权转让的计税成本计算
当自然人股东只转让部分所持有的股权时，其计税成本是按照转让比例来确定的。计算方式为：转让股权的计税成本=全部股权的计税成本×转让比例。
三、计税依据偏低的判定与核定方法
根据国家税务总局的相关规定，如果个人股权转让的计税依据明显偏低且没有正当理由，主管税务机关可以采取一定的方法来核定其真实性。主要包括以下几种核定方式：
1.根据每股净资产或股东享有的股权比例所对应的净资产份额来核定股权转让收入。特别对于资产中知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，其净资产额需要经中介机构评估核实。
2.参考相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东的股权转让价格来核定股权转让收入。
3.参考相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格来核定。
四、异议处理与合理核定方法
如果纳税人对主管税务机关采取的核定方法存在异议，应当提供相关证据。一旦主管税务机关认定证据属实，将采取其他合理的核定方法。这确保了税收的公平性和合理性。
自然人股东在股份转让时，需根据股权转让价、股权计税成本及相关税费计算应纳税所得额，并缴纳相应的个人所得税。若计税依据明显偏低，税务机关有权进行合理的核定。希望以上内容能帮助您更好地理解自然人股东股份转让的税款缴纳问题。
