公司丢失海关专用缴款书后，可以凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。根据国税函〔2009〕617号规定，实行先比对后抵扣管理办法的增值税一般纳税人，应在开具海关缴款书之日起180日内向主管税务机关报送抵扣清单并申请稽核比对，经审核比对无误后，允许计算进项税额抵扣。
当公司从国外进口货物用于销售时，如果丢失了海关进口增值税专用缴款书，仍然有机会抵扣进项税额。根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)的规定，对于这种情况，纳税人可以凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。
具体流程如下：
一、申请抵扣流程
1.增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》。
2.该清单包括纸质资料和电子数据，申请稽核比对。
二、丢失海关缴款书的处理
如果增值税一般纳税人丢失了海关缴款书，应在上述规定的180日内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。
三、税务机关的处理
主管税务机关受理申请后，会进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
即使丢失了海关专用缴款书，纳税人仍有机会抵扣进项税。关键在于及时采取行动，提供必要的证明文件，并按规定流程向主管税务机关提出申请。
