企业清算时，存货和已抵扣进项税金的固定资产应按可变现价值或交易价格确认资产转让所得或损失。分配前，需处理存货和固定资产，可用增值税销项税金抵减留抵税额。留抵税额需作为“负债清偿损益”处理，填入相关申报表中。清算税金及附加不包括企业清算环节缴纳的增值税，后者不允许在本企业抵扣，作为“清算税金及附加”处理。
在处理过程中，若使用增值税销项税金抵减留抵税额，需留意留抵税额的抵减情况。若留抵税额抵减完毕，则需缴纳增值税。若留抵税金未抵减完毕，并将存货和固定资产作为剩余财产分配给股东，税务机关将不再退税。留抵税额作为“应交税费”的一项内容，应被视作“负债清偿损益”进行处理。
在填报相关税务申报表时，企业应按照《中华人民共和国企业清算所得税申报表填报说明》(国税函[2009]388号)的规定，将“应交税费”中的留抵税额反映在附表二《负债清偿损益明细表》的第9行，并在清算申报表主表第2行“负债清偿损益”中体现。
值得注意的是，《中华人民共和国企业清算所得税申报表》中的“清算税金及附加”项目，主要是指清算环节发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税外的各项税金及其附加。在企业清算环节缴纳的增值税无法在本企业抵扣，不再作为价外税，而是可以作为“清算税金及附加”处理。
对于企业清算时仍有存货和已抵扣进项税金的固定资产，需按照相关税务规定进行处理，并确保正确填报税务申报表。
