股东将准备投资的款存入被投资单位账务的处理方式是：按照《公司法》规定，股东应以货币出资的，将货币出资足额存入公司在银行开设的账户。具体处理为股东将投资款项转入公司账户，公司以此作为股东出资进行账务处理。非货币财产出资则需要依法办理财产权转移手续。这是股东履行其出资义务的行为，也是公司账务中的重要环节。
股东出资的过程是公司运营的重要环节之一。按照《公司法》第二十八条的规定，股东应当按期足额缴纳在公司章程中所认缴的出资额。对于货币出资，股东需将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户。这就意味着，当股东将准备投资的款项存入被投资单位（即公司）的账户时，这一行为是符合规定的。
具体操作上，当股东将款项存入公司账户后，公司需对该笔款项进行记账处理。作为资产方，会记录增加现金或银行存款的科目，同时，在负债或所有者权益方面，会记录实收资本或股本科目的增加。这样，公司的账务就能准确反映股东的出资情况。
另外，《公司法》第三十七条明确规定了股东会的职权，其中包括对公司增加或减少注册资本作出决议。这意味着，在股东将款项存入公司账户后，如果公司需要增加注册资本，可以通过股东会决议的方式进行操作。在增加注册资本的过程中，公司的账务需要做出相应的调整，确保资本的准确性。
股东将准备投资的款存入被投资单位（即公司）的账户是合法的，并且是公司运营中的正常流程。公司需按照相关法规进行账务处理，确保账务的准确性并维护公司的利益。希望以上解答能够帮助您更好地理解这一问题。
