运输发票抵扣六点注意事项包括：一、注意发票开票单位是否合法；二、验明合法票据的开具期限；三、逐栏如实填开货物运输业发票；四、申报抵扣增值税的手续合规性，需填写《增值税运输发票抵扣清单》并报送纸质及电子信息；五、明确可抵扣的货物运费金额，不包括装卸费、保险费和其他杂费；六、注意申报抵扣增值税的时间限制，不得超过发票开具日90天后。遵守这些注意事项有助于避免不必要的税务纠纷和增加经营成本。
一、开票单位的合法性
在运输服务中，开票单位的身份至关重要。税法明确要求，开票单位必须是经过税务机关批准，拥有自行开具运输发票资格的企业。主管地税局或经省级地税局批准委托的代理机构也可以代开货物运输业发票。未经地税局认定的纳税人开具的发票不得作为抵扣凭证，企业在接受运输服务时，应验明开票单位的合法身份。
二、运输票据的时效性
合法身份的单位或个人提供的运输票据，必须在法定的期限内使用。超过有效期的票据不得作为抵扣凭证，所以企业必须注意票据的使用时间。
三、发票填开的规范性
自开票纳税人和代开票单位在开具货物运输业发票时，必须按照要求逐栏、如实填开。任何遗漏或错误都可能导致发票无效，无法作为抵扣凭证。
四、申报抵扣手续的全面性
申报抵扣增值税时，企业需要提供《增值税运输发票抵扣清单》。该清单应详细填写，包括取得运输发票的单位名称、识别号等信息。未报送清单或报送信息不全的，不得抵扣运输发票的进项税额。纳税人还需注意，填写的信息必须准确无误，否则可能导致无法抵扣。
五、发票内容的明确性
根据国家税务总局的规定，准予抵扣的货物运费金额是指运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用。发票中应分别注明运费和杂费，如果未分别注明而合并注明为运杂费，则不予抵扣。
六、申报抵扣时间的准确性
纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日起90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。超过这个时间限制，将不得予以抵扣。企业需要合理安排时间，确保在规定期限内完成抵扣手续。
企业在使用运输发票进行增值税抵扣时，应特别注意以上六点事项，确保发票的合法性、时效性、规范性、手续的全面性、内容的明确性以及申报抵扣时间的准确性。只有这样，才能确保企业的税收合规，避免不必要的经济损失。
