税务机关判断企业会计核算是否健全主要依据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》和《中华人民共和国税收征收管理法》的规定。会计核算健全指的是企业能够按照国家统一的会计制度设置账簿，并根据合法、有效的凭证进行核算。若纳税人未按规定办理纳税申报、报送纳税资料或未按规定保管账簿，税务机关将按照相关法规进行处罚。
一、国家统一的会计制度
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》的规定，会计核算健全是指能够按照国家统一的会计制度规定设置账簿。这意味着，企业需要遵循国家制定的统一标准，建立完善的会计制度，确保会计工作的规范性和准确性。
二、合法、有效凭证的核算
健全的会计核算要求企业根据合法、有效的凭证进行核算。合法凭证是指符合国家法律法规规定的票据、凭证等，有效凭证则是确保业务真实、准确的凭证。通过这些凭证，企业可以进行准确的财务记录和报告。
三、纳税申报和资料报送
根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，纳税人需要按照规定期限办理纳税申报和报送纳税资料。如果企业未能按时提交相关纳税资料，税务机关可能会认为其会计核算不健全，并采取相应的处罚措施。
四、账簿保管
企业还需要按规定保管账簿，以确保会计记录的完整性和安全性。如果企业未按规定保管账簿，税务机关可以依据相关法律进行处罚。
税务机关判断企业会计核算是否健全主要从是否遵循国家统一的会计制度、是否根据合法、有效凭证进行核算、是否按时提交纳税资料以及是否按规定保管账簿等方面进行考察。企业应当建立完善的会计制度，确保会计工作的规范性和准确性，以符合税务机关的要求。
