一、对于确实存在虚开增值税专用发票行为的企业，若全额补缴了税务部门的税费、滞纳金和罚款等所有款项，并且具有自首情节或立功表现，可以从轻或减轻处罚。但需要注意的是，即使补缴税款，虚开发票仍然是行为罪，只有犯罪较轻的才可以免除处罚。企业不应心存侥幸。
二、对于不存在虚开增值税专用发票行为或只是善意接受虚开增值税专用发票的企业，建议聘请律师。律师的及时介入可以避免冤案、错案的发生，让案件当事人不被公安机关立案、不被检查机关起诉。这一环节的重要性在于，现实中存在当事人虽然最终被判决无罪，但企业已无法经营的情况，付出了沉重的代价。同时，企业应避免在被税务调查时“托人”“找关系”，而应该聘请专业律师来应对。
三、当受票方企业收到《以证实虚开通知单》并确认其取得的发票为虚开增值税专用发票时，如果确信自己是无辜的，可以根据《中华人民共和国行政复议法》和《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，有权提起行政复议和行政诉讼。例如，福建万绿欣医药有限公司曾起诉认为其开具的《已证实虚开通知单》严重损害公司权益，但法院认为纳税人应先依法申请行政复议后再提起诉讼。企业在收到此类通知时，应了解法律程序并依法维护自身权益。
面对虚开增值税的问题，企业应积极采取补救措施，包括全额补缴税款、聘请律师、了解法律程序等。这些措施有助于企业从轻或减轻处罚，并保护自身合法权益。同时，企业应加强内部管理，避免虚开发票等违法行为的发生。
