外管证预缴附加税在经营地预缴增值税时不能抵扣进项税。增值税应纳税额的计算及申报是回到机构所在的税务机关申报。跨县（市、区）提供建筑服务时，向建筑服务发生地主管国税机关预缴的增值税税款，可以在当期增值税应纳税额中抵减。抵减不完的，结转下期继续抵减。预缴的附加税款具体扣除方式按照《纳税人跨县(市、区)提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》执行。
一、引言
在建筑服务领域，跨县（市、区）提供建筑服务时，纳税人需要按照相关规定预缴附加税。关于外管证预缴附加税如何扣除的问题，涉及到多个税务法规和计算方法。
二、预缴附加税的计算
1.增值税应纳税额的计算：增值税应纳税额等于销项税额减去进项税额。其中，进项税额是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或不动产，支付或负担的增值税额。
2.跨县（市、区）提供建筑服务的纳税人在服务地预缴税款时，不能计算抵扣进项税。这部分预缴的税款实际上是作为增值税应纳税额的一部分进行缴纳。
三、外管证预缴附加税的处理
根据《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》的相关规定，纳税人跨县（市、区）提供建筑服务时，应按照财税〔2016〕36号文件规定的纳税义务发生时间和计税方法，向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款。这部分预缴的增值税税款可以在当期增值税应纳税额中抵减。如果抵减不完，可以结转下期继续抵减。
四、具体执行规定
对于一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。这个2%属于增值税预缴税款。在扣除附加税时，应参照这个预缴税款进行计算和抵减。
五、总结
外管证预缴附加税的扣除涉及到多个税务法规和计算方法，纳税人在实际操作中应严格按照相关规定执行。通过了解并正确应用这些规定，可以确保企业的税务处理合法、准确，从而避免不必要的税务风险。希望以上解答对您有所帮帮助。
