针对问题“运输发票备注栏上不填起始地就算不合格吗”，经过阅读文本后得知：自2007年9月1日起，根据《关于新版公路内河货物运输业统一有关使用问题的通知》(国税发〔2007〕101号)的规定，运输发票的备注栏必须填写起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运费金额等项目，与货运上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。对于2007年9月1日前开具的运输发票，没有填写起运地、到达地和车(船)号等内容仍可申报抵扣。因此，不填起始地算不算不合格要根据具体情况而定。
对于运输发票的备注栏内容，国家税务总局在不同时期发布了相关规定，因此答案取决于发票的开具时间。
2007年9月1日之后的规定：
自2007年9月1日起，根据《关于新版公路内河货物运输业统一有关使用问题的通知》(国税发〔2007〕101号)的规定，运输发票的备注栏上必须填写起始地，如果不填写，则该发票不合格。这一通知要求发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运费金额等项目填写必须齐全，与货运上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣增值税进项税额。
早前及解读：
而在2007年9月1日之前，根据《国家税务总局关于使用新版公路、内河货物运输业统一有关问题的通知》(国税发[2006]67号)，备注栏可填写起运地、到达地和车(船)号等内容，但并没有明确规定必须填写。如纳税人取得2007年9月1日前开具的新版运输发票，备注栏没有填写起运地、到达地和车(船)号等内容仍可申报抵扣。
总结：
运输发票备注栏上是否填写起始地算作不合格取决于发票的开具时间以及相关的税务规定。2007年9月1日后，根据国税发〔2007〕101号文的规定，不填写起始地的运输发票是不合格的，不能用于抵扣增值税进项税额。而在此之前的规定则相对宽松。了解并遵守这些规定对于企业和纳税人来说是非常重要的，以避免因不符合规定而导致的经济损失。
