当发现附加税申报出现错误并已扣款时，应采取以下措施：
一、立即与税务机关联系
一旦发现附加税申报错误并已扣款，企业应第一时间与税务机关取得联系，咨询解决方案。根据错误的性质和金额大小，税务机关会提供恰当的解决方式。
二、根据错误金额处理
1.错误金额较小：如果申报错误的附加税金额较小，且不影响企业的营运资金，企业可以立即按照正确的方法重新申报纳税。同时，向税务机关申请退还错误申报入库的税款。
2.错误金额较大：对于较大的申报错误，企业应及时与税务机关沟通，寻求谅解并申请调整申报方式。这可能包括补申报纳税差异部分或申请退税。经税务机关核准后，企业可以按照调整后的方式进行申报。
三、附加税概述
附加税是随正税加征的税，通常是为了特定的目的，如增加社会福利、发展教育以及满足地方政府的财政需要等。中国的附加税包括根据正税的征收同时加征的税种，以及正税征收的同时额外加征的部分税收。
四、审核与计缴
为避免申报错误，企业应依法对申报的税项进行多重审核。同时，计缴相关税费时，应确保税款的准确性和及时性。
附加税申报错误已扣款时，企业应立即与税务机关联系，根据错误金额大小采取不同的处理方式。同时，为了更好地避免类似问题，企业应加强对税务申报的审核，确保税款的准确性和及时性。希望以上解答能帮助您更好地了解附加税申报错误的处理方法。
