基金公司销售手续费的会计处理有两种方法：净额法和总额法。净额法是将收取的手续费收入总额减去代销机构应得部分，剩余记入基金公司收入。总额法则是将收取的手续费总额确认为收入，将支付给代销机构的部分作为费用核算。两种方法在理论和应用上有所不同，需根据具体情况选择使用。
净额法
净额法是基于实质重于形式的原则，更好地反映经济交易的实质。在这种方法下，基金公司将对客户收取的手续费收入总额，减去属于代销机构应收取的费用部分（对代销机构应得部分作代收代付处理），剩余部分记入基金公司收入。也就是说，基金公司收入等于客户的手续费收入总额减去代销机构的费用。这种方法下，销售手续费实质上是基金管理人、代销机构、投资者三方法律关系下的共同分享的收入。在实务操作中，由于代销机构可能难以提供正规发票，这可能导致基金公司费用确认的随意性和监督困难，甚至造成偷税漏税的问题。
总额法
总额法则是根据《财务报告条例》的规定，财务报表项目应以总额列报，资产和负债、收入和费用不能相互抵消。在这种方法下，基金公司将收取的手续费总额确认为收入，将支付给代销机构的部分作为费用核算。也就是说，基金公司手续费收入等于客户的手续费收入总额。这种方法的现实依据是基金公司取得的手续费收入作为基金管理人向投资者收取的费用，应该全额记入管理人的收入。在税收方面，由于营业税是流转税，无论基金公司还是代销机构均应缴纳营业税，不存在重复征税问题。
两种方法各有理论依据和实际操作中的特点，基金公司可以根据自身情况和业务需求选择适合的会计处理方法。
