土地增值税清算时，未进行开发即转让的土地或房地产，不允许加计扣除。省以上人民政府批准征收的规费、基金不能加计扣除。市政公用基础设施配套费、人防工程异地建设费不得加计扣除。土地出让金返还款在计算土地增值税时不允许扣除。此外，纳税人为取得土地使用权所支付的地价款应以实际支付金额减去政府给予的返还款后确认。不同地区的具体规定可能存在差异。
在土地增值税清算过程中，存在部分成本是不允许加计扣除的。这些规定主要是为了确保税收的公平性和规范性。
未开发即转让的土地成本
对于取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的情况，计算其增值额时，不允许加计扣除。只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。这一规定依据的是《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》(国税函发[1995]110号)第六条(一)项规定。
特定规费、基金
省以上人民政府批准征收的规费、基金不能加计扣除。但需要注意的是，《山东省地方税务局关于房地产开发企业土地增值税预征和清算管理暂行办法》(鲁地税发[2004]33号)第十九条(四)项规定中，经省以上人民政府批准征收的规费、基金，可视同税金予以扣除。
市政配套费用与人防费用
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》(苏地税规[2012]1号)第五条(五)项1款规定，市政公用基础设施配套费、人防工程异地建设费不得加计扣除，也不作为房地产开发费用扣除的计算基数。
土地出让金返还款
同样，该公告的第五条(四)项规定，纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，返还款不允许扣除，直接冲减土地成本。
其他注意事项
在进行土地增值税清算时，房地产开发企业还需注意其他可能的不能加计扣除的成本，如拆迁补偿费、前期工程费等。这些成本的具体扣除规定可能因地区而异，需结合当地税务部门的规定进行清算。
土地增值税清算时不能加计扣除的成本主要包括未开发即转让的土地成本、特定规费、基金、市政配套与人防费用，以及土地出让金返还款等。在进行税务处理时，企业应特别注意这些规定，确保合规操作，避免不必要的税务风险。
