当建设工程施工合同无效且双方发生纠纷时，处理需根据不同情况对待。若工程经竣工验收合格，承包人可请求参照合同约定支付工程价款。若工程非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人签订合同，则合同无效，可收缴当事人非法所得。若工程经竣工验收不合格，修复后合格则发包人可请求承包人承担修复费用；若仍不合格，承包人请求支付工程价款则不予支持，发包人有过错的需承担相应民事责任。处理需依据相关法律规定进行。
一、如果建设工程施工合同无效，但建设工程经过竣工验收合格，那么承包人有权请求参照合同约定支付工程价款。这一规定主要适用于那些非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同。然而，承包人并不享有利润请求权。对于施工单位超越本单位资质等级承揽工程的，将按照相关法规进行处罚，包括责令停止违法行为、罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。对于未取得资质证书或以欺骗手段取得资质证书承揽工程的施工单位，也将受到相应的处罚。
二、如果建设工程施工合同无效，且建设工程经过竣工验收不合格，那么在修复后工程经竣工验收合格的情况下，发包人有权请求承包人承担修复费用。这意味着承包人需要承担修复不合格工程的费用，以确保工程最终能够满足合同要求。
三、如果修复后的建筑工程经过竣工验收仍然不合格，那么承包人请求支付工程价款的请求将不予支持。因建设工程不合格造成的损失，如果发包人也有过错，那么发包人也需要承担相应的民事责任。
处理建设工程施工合同无效的问题时，需要根据具体情况进行具体分析。在双方发生纠纷时，应参考相关法律法规，并结合实际情况进行合理的解决。
