A公司于2008年购入生产设备后发现不符合生产要求，转让造成损失100万元。在所得税汇算清缴时，财务人员做了纳税调增处理。但事后得知并非所有资产损失都需要报批扣除。根据相关规定，A公司可以追补确认在损失发生的年度税前扣除该部分损失，调整2008年度应纳税所得额和应纳税额。多缴的税款可以在后续年度抵缴。因此，当年未扣损失以后年度可以补扣，A公司多缴的税款20万元可在2009年度或以后的年度进行调整抵缴。
针对A公司的情况，我们可以从相关税务规定来详细解答这一问题。
一、企业资产损失的类型及扣除方式
根据《企业资产损失税前扣除管理办法》(国税发[2009]88号)，企业实际发生的资产损失可分为自行计算扣除的资产损失和需经税务机关审批后才能扣除的资产损失。
二、A公司资产损失的处理
A公司在正常经营管理活动中转让固定资产发生的资产损失，属于可以自行扣除的情形。但由于其在规定的纳税年度内没有扣除，根据国税发[2009]88号文件，需经税务机关批准后，可追补确认在损失发生的年度税前扣除。
三、追补扣除的具体操作
根据国家税务总局《关于企业以前年度未扣除资产损失企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]772号)，企业以前年度发生的资产损失，在当年因各种原因未能扣除的，可以按规定追补确认在该项资产损失发生的年度扣除。对于A公司而言，其资产损失若需补扣，只能调整2008年度的应纳税所得额和应纳税额。
四、多缴税款的处理
国税函[2009]772号文件第二条规定，企业因以前年度资产损失未在税前扣除而多缴纳的企业所得税税款，可以在审批确认年度企业所得税应纳税款中予以抵缴。对于A公司多缴纳的税款20万元，可以在2009年度进行申报抵缴，并在以后的年度进行递延抵缴。
A公司2008年未能在当年扣除的损失，根据相关规定，可以在以后年度进行补扣，并相应调整应纳税额。多缴的税款也可以在以后的年度进行抵缴或递延抵缴。希望以上解答对您有所帮肋。
