对于善意取得虚开增值税专用发票的纳税人，若能重新取得合法有效的专用发票或取得销售方所在地税务机关的查处证明，可抵扣进项税款或出口退税。如不能重新取得合法发票，则不准抵扣或不予退税，且需追缴已抵扣的税款。被追缴税款的情形不属于税收征收管理法中未按规定期限缴纳税款的情况，不适用加收滞纳金的规定。
当纳税人善意取得虚开的增值税专用发票时，应当采取以下措施：
一、重新取得合法、有效的专用发票
若纳税人能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，或者取得手工开出的合法、有效专用发票并且取得了销售方所在地税务机关或正在对销售方虚开专用发票行为进行查处证明，那么可以准许其抵扣进项税款或出口退税。这种情况下，纳税人的权益可以得到保障。
二、无法重新取得合法、有效专用发票的处理
如果纳税人无法重新取得合法、有效的专用发票，那么不准其抵扣进项税款或不予出口退税。对于购货方已经抵扣的进项税款或取得的出口退税，应依法追缴。这种情况下，纳税人需要承担相应的责任，并积极配合相关部门完成税款的追缴工作。
三、关于滞纳金的规定
当纳税人善意取得虚开的增值税专用发票并被依法追缴已抵扣税款时，不属于《税收征收管理法》中“纳税人未按规定期限缴纳税款”的情形。不适用该条款中从滞纳税款之日起按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金的规定。这一规定为纳税人提供了一定的缓冲时间，以便配合相关部门处理善后事宜。
对于善意取得虚开增值税专用发票的纳税人，应根据能否重新取得合法、有效的专用发票来决定是否允许抵扣进项税款或出口退税。同时，明确被追缴已抵扣税款时不属于违规逾期缴纳税款的情形，避免了额外的滞纳金负担。希望以上解答能够帮助您更好地理解这一问题。如需深入学习会计实务知识，可以通过关注相关公众号或加入会计实务交流群进行学习和交流。
