在清算土地增值税时，无产权的车库（含人防车位和非人防车位）的征税方式视其移交方式而定。无偿移交全体业主或政府作公共配套设施的，其成本可扣除；有偿移交的人防车库和非人防车库，若开发商未办理车库初始登记，不计算收入、不征税；若已签订销售合同并办理初始登记，则按有产权的车库处理。人防车位和非人防车位在计算土地增值税时无区别。
一、无偿移交的车库处理
对于按政府规定建设的地下人防工程改造的地下车库（位）和非人防车库，如果无偿移交全体业主所有或无偿移交政府，其处理方式视同公共配套设施。即，如果产权属于全体业主所有，其成本、费用可以扣除；若无偿移交给政府用于非营利性社会公共事业，其成本、费用同样可以扣除。
二、有偿移交的处理方式
人防车库（位）和非人防车库（位）在计算土地增值税时没有特别区别。但是，根据《中华人民共和国城市房地产管理法》的规定，未依法登记领取权属证书的不得转让。如果房地产开发商未办理车库初始登记，那么不论签订什么合同，都不应视为车库产权的转让。在这种情况下，不计算收入，不扣除成本、费用，也不征收土地增值税。车位使用费也不按房产租赁征房产税，其成本计算时不分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费。
然而，如果房地产开发商签订车库（位）销售合同、开具销售发票并收到款项，且在签订合同后补办相关手续，办理了车库（位）初始登记，那么可以认定车库（位）销售行为成立。此时，土地增值税按有产权的车库（位）进行处理。
无产权的车库（位）在土地增值税清算中的征税问题需要根据具体情况而定，包括车库的移交方式、是否办理产权登记以及是否发生销售行为等。在处理这类问题时，需要综合考虑相关法规和实践操作，确保税收处理的准确性和合规性。
