根据《交通运输部国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号）的规定，员工通行费发票勾选后的申报流程如下：
一、登录选择确认平台
增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台。此平台为纳税人提供查询、选择通行费电子发票信息的服务。
二、查询与选择发票信息
在登录选择确认平台后，纳税人可以查询并选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。确保所选择的发票信息准确无误，为后续申报工作做好准备。
三、申报抵扣与填写报表
增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料(二)》（本期进项税额明细）中。“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。纳税人需按照税收实务的要求，正确填写申报表，完成申报抵扣工作。
四、特定纳税人的操作
对于不使用网络办税的特定纳税人，可以持税控设备前往主管国税机关办税服务厅。在这里，税务机关工作人员会通过增值税发票选择确认平台（税务局端）为其办理通行费电子发票选择确认，确保这些纳税人也能顺利完成申报工作。
通行费增值税进项税额抵扣政策按照国务院财税主管部门有关规定执行，纳税人在进行申报时需遵循相关法规，确保操作的合规性。
以上就是关于员工通行费发票勾选后如何申报的详细解答。希望对您的工作有所帮助，如需了解更多关于会计实操、税收实务的知识，建议持续关注官方税务动态或咨询税务专家，以确保操作的准确性和合规性。
