一、功能不同
合并抵消分录主要起到抵消有关报表项目数据的作用，而会计分录则用于处理日常会计业务。合并抵消分录的编制，旨在使内部交易在个别财务报表中的反映与在合并财务报表中的反映保持一致，这种一致性仅仅是为了编制合并财务报表，而非调整母公司和子公司的个别财务报表。
二、操作方式不同
合并抵消分录不用过账，不会导致当期和以后期间个别报表财务相关项目的数据发生变化。而会计分录则需要过账，并影响相关账户的数据。
三、操作对象不同
合并抵消分录的操作对象是报表项目，旨在抵消报表项目中的数据。而会计分录的操作对象则是具体的账户，处理日常会计业务时，会计分录的借贷方都用相应的账户名称。
四、使用名称差异
会计报表的项目名称与所对应的账户名称不完全一致。在编制合并抵消分录时，应使用报表项目的名称，如“存货”、“固定资产原价”、“期初未分配利润”、“提取盈余公积”等。而在处理日常会计业务所编制的会计分录中，则使用账户的名称，如“原材料”、“库存商品”、“固定资产”、“利润分配”等。
合并财务报表抵消分录与会计分录在功能、操作方式、操作对象及使用名称等方面存在明显的差异。了解这些差异对于准确编制合并财务报表、理解财务报表的构成及内部交易的处理方式具有重要意义。
