专项应付款二级科目设置用于核算企业接受的具有专门用途的拨款，如技术改造、技术研究等款项。在“专项应付款”账户下，应按专项应付款种类设置明细账。可按资本性投资项目进行明细核算，设置相应的二级科目。收到或应收的资本性拨款，需按项目进展情况进行会计处理。
专项应付款是新会计准则下的特定科目，主要用于企业接收的具有专门用途的政府拨款，如技术改造、技术研究等项目的资金，以及其他来源的特定款项。为了更细致地进行财务核算，在“专项应付款”账户下，需要按专项应付款的种类进行明细账的设置，即二级科目的设置。
一、针对政府投入款项的二级科目设置
1.项目类别：根据政府投入款项的具体项目，如“技术研究项目”、“技术改造项目”等设置二级科目。
2.项目细节：在每个项目类别下，可进一步按照项目的具体名称或内容进行细分，以便更详细地反映资金的流向和使用情况。
二、其他来源款项的二级科目设置
1.资金来源：标明资金的来源，如“企业合作款”、“社会投资款”等。
2.款项性质：描述款项的具体性质，如“研发资金”、“设备购置款”等。
三、明细核算与账务处理
1.当企业收到或应收的资本性拨款时，应借记“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”科目。
2.拨款用于特定的工程项目时，需根据资金的用途进行账务处理，如借记“在建工程”等科目，贷记相关科目。
3.工程项目完工后，根据项目的实际情况进行结转，对形成的长期资产部分，借记“专项应付款”，贷记“资本公积——其他资本公积”科目。
4.对于未形成长期资产需要核销的部分，以及拨款结余需要返还的，都应进行相应的账务处理。
四、期末处理
本科目的期末贷方余额代表企业尚未转销的专项应付款，应定期进行核对和处理。
专项应付款二级科目的设置是财务核算中的重要环节，合理的设置可以更加清晰地反映企业资金的流向和使用情况。针对政府投入和其他来源的款项，应分别设置二级科目，并进行细致的账务处理。定期核对和处理期末余额，确保财务信息的准确性。
