非正常损失的原材料处理需结合《增值税暂行条例》及其实施细则进行。当库存原材料因管理不善等原因造成短缺时，需先确认非正常损失所涉及的进项税额，并计入待处理财产损益。扣除责任人赔偿后，将净损失计入管理费用。例如，某公司库存原材料短缺5000元，非正常损失原材料所涉及的进项税额为850元，不作进项税额转出。会计处理为借待处理财产损益，贷原材料；借管理费用和其他应收款，贷待处理财产损益。
某公司为增值税一般纳税人，在财产清查中发现库存原材料短缺，由于仓库管理员管理不善造成。针对这种非正常损失，我们需要对其进行适当的处理。
一、增值税处理
根据现行《增值税暂行条例》及其实施细则，非正常损失原材料所涉及的进项税额可以抵扣，但不应作进项税额转出。具体来说，该公司原材料短缺的金额为5000元，涉及的进项税额为5000乘以税率17%，即850元。这部分税额可以正常抵扣。
二、会计处理
按照《企业会计准则》的规定，盘亏的存货需要扣除责任人赔偿后的余额部分，然后将净损失计入管理费用。在本案例中，由仓库管理员赔偿500元后，净损失为4500元。会计分录如下：
借：待处理财产损益——待处理流动资产损益5000
贷：原材料5000
借：管理费用4500
其他应收款——李某500
贷：待处理财产损益——待处理流动资产损益5000
通过这样的会计处理，可以清晰地反映出非正常损失原材料的实际情况，并进行了适当的账务调整。
对于非正常损失的原材料，企业在处理时需注意增值税和会计两方面的规定。在增值税方面，涉及的进项税额可以正常抵扣；在会计方面，需要根据准则进行盘亏存货的账务处理，扣除责任人赔偿后，将净损失计入管理费用。以上是针对非正常损失的原材料处理的详细解答。
