海关进口增值税在部分地区如河北、河南、广东和深圳试行“先比对后抵扣”的管理办法。纳税人需在取得海关缴款书后的90天内向主管税务机关报送抵扣清单并申请稽核比对，逾期未申请的不予抵扣。纳税人需设置“待抵扣进项税额”明细科目核算已申请但尚未稽核相符的海关缴款书进项税额，待稽核比对相符后方可抵扣。
近期，国家税务总局发布的《关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》（国税函〔2009〕83号）对此做出了明确的规定。
一、政策规定
根据该通知，自2009年4月1日起，在河北省、河南省、广东省和深圳市试行了进口增值税“先比对后抵扣”的管理办法。这一政策主要针对增值税一般纳税人，这些纳税人在进口货物取得海关缴款书后，需要在开具之日起90天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对。
二、具体操作
纳税人应在“应交税费”科目下设立“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。当纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税费—待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目。待稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，再借记“应交税费—应交增值税（进项税额）”专栏，贷记“应交税费—待抵扣进项税额”科目。
三、逾期处理
如果纳税人在规定的90天内未向主管税务机关申请稽核比对，将不予抵扣进项税额。
这一政策的实施，旨在确保海关进口增值税的合规抵扣，加强税收征管，防止税收流失。对于纳税人来说，需要了解并遵守这一规定，确保自身的纳税行为符合国家政策要求。
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