公司自有土地被政府收购的会计分录处理需根据具体情况进行。若因公共利益进行搬迁，收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理，再转入递延收益，并遵循《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理。若收到除上述之外的搬迁补偿款或土地收储不属于公共利益搬迁，则需按照《企业会计准则第4号——固定资产》等相关准则处理。具体为：借银行存款等科目，贷专项应付款或营业外收入等科目。
一、当土地收储属于因公共利益进行搬迁时，会计分录如下：
1.企业收到政府给予的搬迁补偿款时，应作为专项应付款处理。会计分录为：借：银行存款，贷：专项应付款。
2.对于搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失、有关费用性支出、停工损失及搬迁后拟新建资产，应从专项应付款转入递延收益，并按照《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理。会计分录为：借：专项应付款，贷：递延收益。
3.企业取得的搬迁补偿款在扣除转入递延收益的金额后如有结余，应当作为资本公积处理。
二、若企业土地收储不属于公共利益进行搬迁的情况，其会计分录处理为：
1.收到补偿款时，会计分录为：借：银行存款，贷：营业外收入。
2.处置土地时，会计分录为：借：营业外支出、累计摊销，贷：无形资产。
企业需根据不同情况选择合适的会计处理方式，以确保财务处理的准确性和合规性。对于具体的会计处理细节和规定，建议企业咨询专业会计师或查阅相关会计准则和规定，以确保财务处理的准确性和合规性。
