公司报销金额小于发票金额时，会计分录处理视金额差异而定。若差异不大可直接按实报金额入账，无需额外说明；若差异较大，需报销经办人书面说明并履行报销签批程序，作为发票附件进行报销。企业报销费用填制要求包括及时办理手续、整理单据、如实填写报销单内容、采购类费用需附验收入库手续等。
一、实报金额与发票金额差异不大的情况
当实际报销金额比发票金额小，且差异不大时，例如实报金额只是稍微低于发票金额或是进行了小额的抹零操作，这种情况下的处理方式相对简单。财务人员可以直接按照实际报销金额进行入账处理，无需额外附加说明。这种情况下，无需过分复杂化流程，以免画蛇添足。
二、实报金额与发票金额差异较大的情况
当实际报销金额远远小于发票金额时，就需要有合理的解释作为依据。这时，报销的经办人需要详细作出书面说明，解释造成这种差异的原因，并履行相应的报销签批程序。这个书面说明将作为报销发票的附件，按照说明中的实际金额进行报销，然后将相关票据入账。
企业报销费用的填制要求
除了上述关于如何处理报销金额与发票金额差异的问题外，企业报销费用还有以下填制要求：
1.时间要求：费用经办人应在费用发生后的5个工作日内到财务部办理报销手续。如有特殊情况，可特殊处理。
2.单据整理：原始单据应整齐，边角剪齐，正面朝上粘贴在报销单的反面左边。
3.填写内容：使用蓝色或黑色钢笔、签字笔如实填写报销单的各项内容，如报销时间、报销人、费用摘要、单据张数等，确保信息准确无误。
4.采购类费用：需凭有效的《请购单》或采购计划表和发票到仓库办理物品验收入库手续，并将进仓单、直拔单附在报销单据后面。
5.非采购类费用：直接填制报销单据，按照流程进行报销。
6.特殊费用：如外出培训费，需凭《培训协议》办理报销手续。
对于公司报销金额小于发票金额的情况，财务人员需要根据实际情况和填制要求，合理进行会计分录处理，确保财务记录的准确性和规范性。
