针对房屋权属登记撤销并重新确认的缴税问题，根据国家税务总局的规定，购房者在签订房屋买卖合同后、办理房屋所有权变更登记之前缴纳契税。若因各种原因最终未能完成交易，已纳契税款应予以退还。经法院判决的无效产权转移，撤销房屋权属登记后，已纳税款同样应予以退还。对于重新登记两人名下的房屋，需按规定缴纳各自应负担的契税，计税价格为房屋买卖成交价格或税务机关核定的市场价格。
当房屋权属登记被撤销并重新确认时，其缴税问题需依据具体情境进行处理。以下是针对该问题的详细解答：
一、契税退税规定
1.根据《国家税务总局关于办理期房退房手续后应退还已征契税的批复》(国税函[2002]622号)，购房者已签订房屋买卖合同并缴纳契税，但若因各种原因最终未能完成交易，办理退房手续后，已纳契税款应予以退还。
2.《国家税务总局关于无效产权转移征收契税的批复》(国税函[2008]438号)规定，经法院判决的无效产权转移行为不征收契税。在法院判决撤销房屋所有权证后，已纳契税款同样应予退还。
二、重新确认权属登记的缴税规定
1.在房屋权属登记被撤销后，已纳税款确实应予以退还。
2.对于重新登记两人名下的房屋，再按规定缴纳各自应负担的契税。
3.缴纳契税的计税依据应为房屋买卖的成交价格或税务机关核定的市场价格。
三、注意事项
在实际操作中，需确保所有相关文件、合同及判决的合法性，以确保在办理退税或重新缴税时不受阻碍。还应遵循当地税务部门的具体规定，确保缴税操作的合规性。
房屋权属登记撤销并重新确认的缴税问题，需根据具体情况及税务规定进行处理。在操作过程中，应确保所有文件的合法性，并遵循当地税务部门的规定。如有疑问，建议咨询专业税务人员或律师。
