应付税款出现负数的原因包括：应付款负数可重新分类为预付账款或应收账款；以前年度多交税款、进项税大于销项税；出口先征后退的税收政策导致应退回的税额；未交税金在提取时反映的余额为贷方负数，即交纳税金多于提取的数；启用新系统后计算方法变化导致申报所得税时出现负数等。多数情况下，应付税款出现负数并不是大问题，下个月进行调整即可。如果是由于应交增值税进项税余额大于销项税余额造成的，也就是增值税纳税申报表上的留抵税。所得税是按季预缴，年度清算，也不排除多交的所得税款。弄清原因后，可进行适当的会计处理。
1.应付账款负数重新分类
应付账款出现负数时，在出资产负债表时可以重新分类。这个负数可以作为预付账款处理，如果没有预付账款的情况下，也可以作为应收账款。
2.以前年度税款多交
如果之前年度多交了税款，那么应交税金就有可能出现负数。
3.进项税大于销项税
当进项税大于销项税时，也会导致应交税金出现负数。因为进项税额是企业购买原材料等物品时所缴纳的税款，销项税额是企业销售产品时应收的税款。如果进项税大于销项税，就形成了应退税额，即应交税金为负数。
4.税收政策影响
对于出口企业，实行先征后退的税收政策。期末应交税金为负数时，一般为公司应退回的税额。
5.未交税金的处理
在未交税金的情况下，如果在提取的时候所反映的余额是贷方余额，期末数是负数，说明在交纳税金的时候多于提取的数，即交多了。这种情况下个月进行调整即可。
6.所得税计算方法变化
采用核定应税所得率征收所得税的纳税人在申报所得税时，应征税金出现负数，可能是新系统计算方法变化所致，纳税人不必自行处理，视同正常情况申报。
除此之外，应付税款为负数也有可能是由于应交增值税进项税余额大于销项税余额所造成的，也就是增值税纳税申报表上的“留抵税”。
应付税款出现负数的情况并不罕见，多数情况是由于以往税款多交、税收政策、计算方法变化或会计账务处理等原因导致的。企业可以根据具体情况进行调整和处理。
