补缴当年土地使用税的法律依据包括财政部、国家税务总局的《关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）、国家税务总局的公告（2014年第74号）以及国土资源部、住房和城乡建设部的通知（国土资发〔2010〕151号）。根据这些规定，纳税人自建、委托施工及开发的城镇土地使用税的纳税义务发生时间从取得土地使用权合同约定交付土地时间的次月起计算，合同未约定交付土地时间的则从合同签订的次月起计算。
补缴当年土地使用税的法律依据主要来源于财政部、国家税务总局的相关通知和规定。
一、财税〔2006〕186号规定
财政部、国家税务总局发布的《关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）第二条规定，对于纳税人自建、委托施工及开发涉及的城镇土地使用税，纳税义务发生时间从取得土地使用权合同约定交付土地时间的次月起。也就是说，一旦土地使用权发生转移，纳税人应从合同约定的交付土地时间的次月开始缴纳城镇土地使用税。这一规定明确了纳税义务的发生时间，并不取决于是否取得《土地使用证》或是否全额缴款。
二、国家税务总局公告2014年第74号规定
《国家税务总局关于通过招拍挂方式取得土地缴纳城镇土地使用税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第74号）进一步规定，通过招标、拍卖、挂牌方式取得的建设用地，不属于新征用的耕地。纳税人同样应按照财税〔2006〕186号规定，从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税。也就是说，对于通过招拍挂方式取得土地的企业，也需要按照合同约定的时间开始缴纳土地使用税。
三、《国土资源部、住房和城乡建设部关于进一步加强房地产用地和建设管理调控的通知》
《国土资源部、住房和城乡建设部关于进一步加强房地产用地和建设管理调控的通知》（国土资发〔2010〕151号）第四条规定，土地出让必须以宗地为单位提供规划条件、建设条件和土地使用标准。这一规定虽然与直接解答补缴土地使用税的问题不直接相关，但体现了国家对土地管理和税收政策的整体调控。
补缴当年土地使用税的法律依据主要来源于财政部、国家税务总局的相关规定，纳税义务的发生时间以土地使用权转移后的合同约定为准。企业应当按照规定时间及时缴纳土地使用税，避免产生不必要的税务风险。
