出让土地的土地增值税扣除方式根据《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》规定，对于将生地变为熟地转让的，允许扣除地价款、相关费用、开发成本及开发成本的20%，以及在转让环节缴纳的税金。对于未进行开发即转让的土地，只允许扣除地价款、相关费用及转让环节的税金。土地出让金已抵扣的税不需要扣减，但房地产公司计算土地增值税时需按实际支付的土地出让金及国家统一规定交纳的有关费用填写。不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
根据《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》(国税函发[1995]110号)文件规定，对于出让土地的土地增值税扣除，主要分为两种情况：
一、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的情况
计算其增值额时，允许扣除的项目包括：取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及开发土地所需成本。还可以加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。这一规定旨在鼓励投资者将更多的资金投向房地产开发。
二、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的情况
计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。这样的规定主要是为了防止炒买炒卖地皮的行为，对于未进行实际开发就直接转让的土地，其相关费用在计算土地增值额时不得作为扣除项目。
在土地增值税中，土地出让金已抵扣的税不需要扣减。房地产公司在计算土地增值税时，如果外购土地进项税已经抵扣，则按不含税金额填报；如果不涉及进项税抵扣的，按土地使用权而实际支付的（补交）的土地出让金（地价款）及按国家统一规定交纳的有关费用的数额填写。
土地增值税的扣除项目需要根据具体情况而定，包括是否进行实际开发、是否涉及进项税抵扣等因素。了解这些规定有助于更好地进行会计实操和税收实务操作。
