一、流转税及其他相关税种的处理
在清算过程中，清理公司财产时，清算公司负有流转税及其他相关税种的纳税义务。这意味着在清算期间，清算企业需要处理所有应缴纳的税款，包括流转税和其他相关税种。
二、企业所得税的处理
确定清算所得后，清算公司还需就清算所得缴纳企业所得税。清算企业应将清算期作为一个独立的纳税年度，进行税务处理，确定清算所得。清算所得为全部资产可变现价值或交易价格减去资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额。
三、债务清偿与股东分配后的税务处理
清偿公司相关债务后，公司向股东分配剩余财产时，股东应确认所得或损失，并缴纳相关税款。被清算企业的股东分得的剩余资产，其中一部分应确认为股息所得，剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，则确认为股东的投资转让所得或损失。
四、具体规定
根据《关于转发〈财政部国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知〉的通知》(沪财税[2009]20号)(财税[2009]60号)的规定，企业清算结束后，需结清清算所得税、以前年度欠税等税款，并清偿企业债务后，再向所有者分配剩余资产。
清算结束后的税费处理是一个复杂的过程，涉及到多个税种和企业所得税的处理。企业需按照相关法规和规定，确保税费的正确缴纳，以完成清算工作。希望以上解答对您有所帮助。
