海关进口增值税实行“先比对后抵扣”的管理办法。纳税人需在开具海关缴款书后的180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对。海关缴款书数据传递有延迟，建议在缴款书日期后25个工作日再上传比对。纳税人应规范采集海关缴款书信息，通过网上电子申报系统查询稽核结果。符合增值税条例规定的抵扣条件时，进口货物缴纳的增值税可以抵扣，按海关完税凭证金额抵扣。
一、实行海关进口增值税专用缴款书（简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人，取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，因此建议企业在电子口岸确认抵扣经营单位后，最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对。
三、纳税人在采集海关缴款书信息时，应按要求完整规范采集。海关缴款书号码在通关系统中总共有22位，其中第20位必须是“L”。在录入过程中，数字、字母、符号应以半角录入，确保录入信息的准确性。例如，如果企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可以通过网上电子申报系统自行查询海关缴款书的稽核结果。具体操作方法为先选择海关缴款书上报月份，然后点击“稽核管理--查询比对结果”。为避免操作错误导致错过抵扣期限造成损失，纳税人应注意网上比对查询方法。
进口货物增值税在满足增值税条例规定的抵扣条件时，其进口时缴纳的增值税是可以抵扣的。一般纳税人销售进口货物时，可以从销项税额中抵扣的进项税额，为从海关取得的完税凭证上注明的增值税额。
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