专项资金支付投资款的会计分录为：借入资金时，会计分录为借：银行存款，贷：拨入专款。使用专项资金进行投资时，如支付购买股票或证券，会计分录为借：交易性金融资产，贷：银行存款。若投资为长期股权投资，则会计分录为借：长期股权投资，贷：银行存款。同时，对于购置的固定资产，需借记固定资产账户，贷记固定基金账户。
在会计实务中，使用专项资金支付投资款需要特别关注，因为这涉及到专款专用的原则。以下是具体的做账步骤和会计分录：
1.收到专项资金
首先，当收到上级拨入的专项资金，如甲课题经费400000元时，应按照以下会计分录进行记账：
借：银行存款400000元
贷：拨入专款——甲课题400000元
2.使用专项资金进行投资
接下来，如果使用该专项资金为甲课题购买股票或进行其他投资，应做如下分录：
借：长期股权投资（或其他相关投资科目）
贷：银行存款
若购买的是交易性金融资产（如股票或证券），则分录为：
借：交易性金融资产
贷：银行存款
3.购置资产的处理
若使用专项资金购置设备或其他固定资产，如为研究甲课题购买专用设备一台，款项已付且设备已交付使用，则需要进行以下分录：
借：专款支出——甲课题（购置设备费）
贷：银行存款
同时，需要记录固定资产的增减：
借：固定资产
贷：固定基金
总结：
对于用专项资金支付投资款的做账处理，关键是要遵循专款专用的原则。每一步的会计处理都需要确保资金的专项用途不被混淆。同时，对于投资款的支付，应明确投资性质并选择相应的会计科目进行记账。希望以上解答能够帮助您更好地理解和处理用专项资金支付投资款的会计实务问题。
