关于甲供材料土地增值税是否可以扣除的问题，根据国家相关营改增政策，甲供材在开发项目中可以计入开发成本，并在土增清算和企业所得税汇算中可扣除甲供部分成本。土地增值税清算条件包括项目全部竣工、整体转让未竣工决算项目、直接转让土地使用权等情况下进行清算。主管税务机关在特定条件下也可要求纳税人进行土地增值税清算。因此，甲供材料土地增值税可以扣除。
随着国家营改增政策的实施，关于甲供材料在土地增值税中的扣除问题，有了明确的解答。
一、甲供材料的税务处理
根据国家出台的相关营改增政策，对于甲供材料（建设方），如果为一般纳税人，可以按规定认证抵扣进项税。当乙方领用材料时，甲方可以将这些材料计入开发成本。
二、土地增值税的清算与扣除
乙方按取得的全部价款和价外费用，按规定计算缴纳增值税，这个金额不再包括甲供材金额。值得注意的是，土增清算和企业所得税汇算可以扣除甲供部分成本。这意味着，在土地增值税的清算过程中，甲供材料的成本是可以被扣除的。
三、土地增值税清算条件
有以下情形之一的，应进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目；
3.直接转让土地使用权。
对于已竣工验收的房地产开发项目，如果已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或符合其他特定条件，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
四、注意事项
关于甲供材料土地增值税的扣除问题，需要结合具体的政策和实际情况来判断。在进行相关操作前，建议咨询专业的税务人员或机构，确保操作的合规性。
甲供材料在土地增值税清算中是可以被扣除的，但具体操作需遵循相关政策和规定。
