增值税发票作废是否合法要根据具体情况而定。如果公司在发票作废前已经认证，对方无法作废，应开具红字发票。但在发票作废后才认证的，可能面临处罚，需对方承担责任并重新开发票。增值税专用发票是增值税计算和管理中的重要合法证明，具有完税凭证作用。税务局实行“以票控税”，严格控制增值税发票风险。
对于增值税发票的作废问题，存在两种不同的情况。首先，如果公司在对方发票作废之后才进行认证，那么这种情况下，发票作废可能涉及违法行为。在未收回全部的发票联次的时候是不允许作废的。此时，公司应该要求对方重新开发票，并将原发票抵扣联和发票联退还给对方。同时，由于对方的责任导致的处罚，公司可以要求对方赔偿。
另一方面，如果公司在他作废之前已经进行了认证，那么在这种情况下，发票作废可能不太适用。在这种情况下，对方应该开具红字发票。增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，具有特定的法律地位和作用。它是增值税一般纳税人领购使用的专用凭证，既是纳税人反映经济活动中的重要会计凭证，又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。任意作废增值税发票可能违反相关法规。
增值税专用发票具有重要性，不仅因为它具有商事凭证的作用，还因为它涉及到税款扣税和增值税支付。增值税专用发票将一个产品的生产到消费各环节联系起来，保持了税赋的完整性。税务局的征管是“以票控税”，控制增值税发票风险是金税工程的起因和核心。
增值税发票的作废是否合法要根据具体情况来判断。在未了解全部事实和背景的情况下，不建议随意作废增值税发票。对于涉及会计实操和税收实务的问题，建议向专业人士咨询或学习相关法规，以确保合法合规操作。
