发票金额大于付款金额的账务处理中，应按实际付款金额入账，不受影响。对于多出的金额，如果是报销人故意多开用于虚报，应从管理层面严格审核采购项目金额避免这种情况。对于出纳处理，内账按实际付款金额报销，外账需调整账目以体现实际付款和发票金额的差异。涉及税务方面，应遵守国家税务总局关于平销行为的增值税规定。总之，应确保账务处理的准确性和合规性。
发票金额大于付款金额在实际情况中很常见，主要出现在两种情况：一是开票方（收款方）为优惠客户，不计零头，但不愿办理返利开红票手续；二是报销人要求开票方故意多开，以便在报销时能够虚报。对于这种情况，在账务处理上应该按照实际付款金额入账。
具体处理方式如下：
一、当发票金额大于付款金额时
实际上，这种情况并不影响账务的处理。在记账时，仍然按照实际付款金额进行入账，发票金额超出部分无需特别处理。
二、当发票金额小于付款金额时
这种情况则需要做出补充发票。确保账务的准确性和完整性。
从管理角度考虑，企业应当严格审核采购项目金额，避免上述第二种情况的发生。这样可以避免不必要的麻烦和误解。
关于税务处理方面，《国家税务总局关于平销行为征收增值税问题的通知》规定，增值税一般纳税人从销售方取得的任何形式的返还资金，都应按照所购货物的增值税税率计算应冲减的进项税金。如果购买员借款后收到一张金额较大的发票，如例中的采购员借款1000元后收到1100元的机打发票，出纳在处理时需注意：内账可以按1000元报销并注明情况，不影响月末银行对账单和银行存款日记账的平衡；外账则需要通过其他应收款的科目进行处理，并最终将差额转入营业外收入。
面对发票金额与付款金额不一致的情况，关键是按照实际交易情况进行账务处理，确保账务的准确性和合规性。
