增值税专用发票两联丢失后的抵扣方式如下：若丢失前已认证相符，购买方可以凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》经购买方主管税务机关审核后，作为抵扣凭证。若丢失前未认证，购买方需先认证再申请抵扣。若丢失抵扣联，可使用发票联复印件留存备查。若无法认证，可使用发票联到主管税务机关认证。会计分录方面，增值税计提时借：应交税费-转出应交增值税，贷：应交税费-未交增值税；缴纳时借：应交税费-未交增值税，贷：银行存款。
当一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票的发票联和抵扣联时，需要进行一系列的步骤以确保能够进行增值税进项税额的抵扣。
一、丢失前已认证相符的处理方式
如果丢失前已经对发票进行认证并确认相符，购买方可以采取以下措施：
1.凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件：购买方可以要求销售方提供发票的记账联复印件。
2.获取《丢失增值税专用发票已报税证明单》：购买方需向销售方所在地主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
3.经购买方主管税务机关审核：购买方需将上述材料提交给主管税务机关进行审核。
4.作为增值税进项税额的抵扣凭证：经审核同意后，上述材料可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
二、丢失前未认证的处理方式
如果丢失前未进行认证，购买方首先需要凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证。认证相符后，再按照已认证的情况进行处理，即需要获取《丢失增值税专用发票已报税证明单》并经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
三、关于抵扣联和发票联的丢失
1.如果丢失了抵扣联，如果已认证相符，可以使用专用发票发票联复印件留存备查。未认证的，则使用发票联到主管税务机关认证，并留存复印件备查。
2.如果只丢失了发票联，可以将抵扣联作为记账凭证，并留存复印件备查。
四、关于无法认证的情况
如果专用发票抵扣联无法认证，可以使用发票联到主管税务机关认证，并留存复印件备查。
关于会计分录的处理，计提增值税时，会计分录为：借：应交税费-转出应交增值税；贷：应交税费-未交增值税。缴纳增值税时，会计分录为：借：应交税费-未交增值税；贷：银行存款。
对于增值税专用发票两联的丢失，购买方需要根据不同情况采取相应的措施，确保能够进行增值税进项税额的抵扣，并严格按照会计规定进行会计处理。
