佣金代扣代缴增值税的申报方式如下：根据财税【2016】36号附件1的规定，若佣金完全发生在境外，则不需要扣缴增值税。对于代扣代缴义务人，有义务从持有的纳税人收入中扣除应纳税款并代为缴纳。接受境外应税服务的原增值税一般纳税人，在按规定扣缴增值税后，可凭相关凭证抵扣进项税额。申报时，录入企业电子报税管理系统的“进项发票”中的“代扣代缴税收通用缴款书”，抵扣税额将在《增值税纳税申报表队列资料》表二第7栏次反映。应备齐书面合同、付款证明和境外单位的对账单或发票等资料。
针对佣金代扣代缴增值税的申报问题，我们首先需要明确相关法规和指导性文件的规定。根据财税【2016】36号附件1第十三条的规定，若境外单位或个人向境内提供的服务完全在境外发生，这些服务不属于在境内的销售服务或无形资产。如果能确认佣金是完全在境外发生的，则不需要扣缴增值税。
对于个人所得税，根据个人所得税法第四条、第五条关于收入来源地的判定原则，若劳务发生在境外，则属于来源于境外的所得，因此也不征个人所得税。在对外支付佣金时，并不需要代扣代缴企业所得税。
然而，在实际操作中，如果收款方为个人且未提供发票，那么在向税务局申请代开发票时，支付方有义务代扣代缴相关税款。这里的代扣代缴义务人，也被称作“扣缴义务人”，指的是有义务从持有的纳税人收入中扣除应纳税款并代为缴纳的企业或单位。
关于如何申报抵扣已按规定代扣代缴的境外服务增值税，根据《财政部国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改增值税试点的通知》（2013年106号文附件2）第二条第一款第三项的规定，原增值税一般纳税人接受境外单位或个人提供的应税服务，在符合一定条件的情况下，可以从销项税额中抵扣进项税额。
纳税人需要准备的材料包括书面合同、付款证明和境外单位的对账单或发票。资料齐全的情况下，方可将进项税额从销项税额中抵扣。申报抵扣时，纳税人在企业电子报税管理系统的“进项发票”一栏中的“代扣代缴税收通用缴款书”录入相关信息。抵扣税额将在《增值税纳税申报表队列资料》（表二）的第7栏次反映。
对于佣金代扣代缴增值税的申报问题，需要依据具体情境和法规进行操作。确保所有操作符合税务部门的规定和要求，以避免不必要的税务风险。
