代开运输发票并不会直接引起双重征税。对于按季申报缴纳增值税的小规模纳税人，代开增值税专用发票时需要预缴增值税税款，但这不属于双重征税。此外，代开运输发票的个体工商户、个人独资企业和合伙企业，按开票金额的1.5%预征个人所得税，年度终了后，查账征税的代开货运发票个人所得税纳税人，预征的个人所得税可以在汇算清缴时扣除。因此，代开运输发票的税务处理需要按规定进行，以避免双重征税的情况。
对于按季申报缴纳增值税的小规模纳税人，代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）时，确实需要同时预缴增值税税款。这一环节可能会引发关于是否会出现双重征税的疑问。但实际上，这种预缴税款的做法是为了保障税收的及时性和准确性，不代表纳税人被重复征税。
代开发票的详细规定：
1.当小规模纳税人代开增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票时，应预缴相应的增值税税款。
2.对于代开普通发票的小规模纳税人，如果一个季度内累计开票金额超过9万元，超过部分也需要预缴税款。但值得注意的是，如果季度销售额低于起征点9万元，则可以免税代开。
关于代开货物运输业发票的个人所得税预征率，国家税务总局有明确规定。根据国家税务总局公告2011年第44号，代开货运发票的个人所得税纳税人需按开票金额的1.5%预征个人所得税。年度终了后，查账征税的代开货运发票个人所得税纳税人，预征的个人所得税可以在汇算清缴时扣除。
总结：
代开运输发票在相关税收规定下并不会引起双重征税。预缴税款是为了保障税收的及时性和准确性。对于小规模纳税人而言，需要了解其具体的纳税义务和规定，确保合规操作。希望以上解答能够帮助您更好地理解代开运输发票与税收之间的关系。如需了解更多会计实操、税收实务问题，可以关注相关公众号或加入会计实务交流群进行深入学习和了解。
