金税三期税收管理系统发出的风险预警事项包括：一般纳税人连续三个月零申报以及增值税进项大于销项。系统会在当年最后一个征收期结束后第一日0:00扫描一般纳税人申报表，若当年累计月份中零申报次数达到或超过应申报次数的50%，并且当年累计进项大于销项，系统将触发预警。这种情况需要引起警惕。
一、连续三个月零申报
一般纳税人在连续三个月内出现零申报的情况，系统会发出预警。这可能是因为企业在这段时期内没有实际经营或者存在其他税收异常情况。
二、增值税进项大于销项
当企业当年累计的进项税额大于销项税额时，系统也会产生风险预警。这通常意味着企业在采购原材料或接受服务等方面产生的税额大于其销售产品产生的税额，可能存在税收合规风险。
详细解释说明：
系统会在当年最后一个征收期结束后第一日0:00扫描一般纳税人的申报表，对一般纳税人申报表进行汇总，关注填列金额。在此过程中，系统会检查当年累计月份中的零申报次数。如果零申报次数达到或超过应申报次数的50%（即零申报次数/应申报次数≥50%），并且当年累计进项税额大于销项税额，系统将触发风险预警。
这意味着企业需要关注其税务申报的合规性，尤其是零申报的情况以及增值税的进销项情况。企业需要确保申报的准确性和合规性，避免触发风险预警机制。对于已经触发预警的企业，也需要及时采取措施，了解并处理预警原因，确保企业的税收合规。
企业在使用金税三期税收管理系统时，应特别注意上述风险预警事项，确保税务工作的合规性和准确性。
