扣减的物流公司赔偿的损失赔偿，应根据赔偿费用的性质进行会计处理。若因违反购销合同等支付的赔偿费用，一般记入“管理费用”或“销售费用”等科目；与生产经营无关的赔偿费用，应记入“营业外支出”科目。赔偿费用在申报企业所得税时，需调增应纳税所得额，不允许税前扣除。赔偿时开收据而非发票，因非买卖关系。针对部分货物破损，需做完整分录，涉及借方的材料采购、库存商品等，以及贷方的银行存款等其他应收款。收到款项时，再作相应分录处理。
在物流运输过程中，由于物流公司的责任导致货物损失，进而产生的赔偿是做账时需要特别注意的部分。针对这些赔偿的做账方式，主要根据赔偿费用的性质进行区分。
一、赔偿费用的性质区分
1.违反购销合同的赔偿费用：当赔偿源于购销合同的违约时，此类赔偿费用一般应记入“管理费用”或“销售费用”等会计科目。
2.与生产经营无关的赔偿费用：如果赔偿与生产经营活动无直接关联，那么这些费用应记入“营业外支出”科目。
二、具体做账流程
1.初始记录：当发生货物损失，且确定是由物流公司的责任导致时，应首先记录赔偿的费用。会计分录为：借方记入“材料采购”或“在途物资”，同时记入“应交税费--应交增值税(进项税额)”，贷方记入“银行存款”等。
2.入库时的处理：当货物入库时，应冲减因损失造成的价值减少。具体分录为：借方记入“库存商品”，贷方记入“材料采购”或“在途物资”。同时，会产生其他应收款——即向物流公司索赔的款项，贷方记入“其他应收款--物流公司”。
3.收到赔偿款项时的处理：当从物流公司收到赔偿款项时，会计分录为：借方记入“银行存款”，贷方记入“其他应收款”。
三、税务处理及注意事项
按照财务制度的规定，赔偿费用应列入“营业外支出”。但在申报企业所得税时，赔偿费用需要调增应纳税所得额，因为根据税法规定，这部分费用不允许在税前扣除。由于赔偿不涉及买卖关系，因此不需要开具发票，开具收据即可。
对于部分货物破损的情况，做账时需特别注意准确记录损失货物的价值以及收到的赔偿款项，确保账务的准确性和合规性。
对于扣减的物流公司赔偿的损失赔偿的做账，需根据赔偿费用的性质进行科目归类，并严格按照财务和税务规定进行处理，确保企业的财务合规和税务合规。
