一、形成企业的方式不同
初始投资成本是取得长期股权投资时实际支付的全部价款。这意味着，无论企业是否通过合并形成，只要有长期股权投资，就会有初始投资成本。初始投资成本是投资者进入市场、开展业务的第一步，是企业发展的基础。
而合并成本主要针对由企业合并形成的长期股权投资。企业合并是指两个或多个企业组合成一个新的实体，合并成本就是在这次合并中产生的总成本。
二、同一控制下的具体数额不同
在同一控制下企业合并形成的长期股权投资中，初始投资成本与合并成本也存在差异。初始投资成本等于取得净资产的账面价值份额，反映的是投资企业在被投资企业中的权益份额。而合并成本则等于为进行企业合并所支付对价的账面价值，包括支付的对价以及合并过程中产生的其他费用。
三、交易费用的处理不同
在企业合并过程中，产生的交易费用处理也有所不同。企业合并形成的长期股权投资的合并成本中，并不包含交易费用。这意味着，合并成本主要指的是为完成合并而支付的对价，而不包括交易过程中产生的其他费用。而其他原因形成的长期股权投资的初始成本则包含交易费用。
总结来说，初始投资成本与合并成本在形成方式、具体数额以及交易费用处理上都有所不同。理解这两者的区别对于正确进行长期股权投资、合理评估投资效益具有重要意义。
