长期“零申报”的后果包括：被税务机关重点监控并纳税评估，可能发现隐瞒收入、虚开发票等行为，需补缴税款、滞纳金并罚款；若为走逃户，将纳入重大失信名单，受票方核查并查处；对长期零申报且持有发票的纳税人，发票降版降量并可能进行核查；税务机关可核查并核定纳税人收入。同时，税收优惠认定企业或税负率异常的企业也会受到重点关注。
一、重点监控与纳税评估
长期零申报的纳税人将被税务机关纳入重点监控范围。税务机关会按照相关规定进行纳税评估，评估过程中，一旦发现纳税人存在隐瞒收入、虚开发票等行为，将要求其补缴当期税款与滞纳金，并可根据情节按规定对其处以罚款。对于情节特别严重的行为，还将移送至稽查部门处理。
二、重大失信名单与D纳税人评定
若纳税人为走逃户，将被税务机关按规定纳入重大失信名单并对外公告。同时，税务机关会核查“受票方”，探究其是否存在善意取得虚开增值税发票、恶意串通等情况，并按规定进行查处。走逃户纳税人还将直接被评定为D纳税人，承担相应后果。
三、发票降版降量与定期核查
对于长期零申报且持有发票的纳税人，税务机关可能会采取降低发票版位和数量的措施。同时，税务机关可按规定要求这类纳税人定期前往税务机关，对其发票的使用情况进行核查。
四、收入核定与税收优惠的影响
税务机关通过核查，若认为有必要时，可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。如果企业属于高新企业等税收优惠认定企业，或者税负率异常，也会受到税局的重点“关照”。
长期“零申报”不仅可能导致企业受到税务机关的重点监控和评估，还可能面临罚款、被列入重大失信名单、发票降版降量等后果。企业应合理申报税务，避免长期零申报，确保合规运营。
