一、适用范围不同
预算会计主要适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，其适用对象具有明显的非营利性，因此也称为非营利性组织会计。这些机构和组织的目的是提供社会公共服务，不以盈利为目标。
相反，企业会计主要服务于企业，以盈利为目标。企业会计也称为营利性组织会计，其目标是反映企业的经济活动，提供有关企业财务状况、经营成果和现金流量的信息，以帮助企业决策者做出更好的决策。
二、会计核算的基础不同
预算会计主要采用收付实现制作为记账基础。这意味着在实际收到或支付现金时进行记账，注重反映当年的预算执行情况。
而企业会计则必须采用权责发生制作为记账基础。权责发生制是指在一个会计期间内，当费用或收入的权利或责任发生时，无论是否实际收到或支付现金，都应被记录和报告。
以一个事业单位购买国库券的实例来看，预算会计在处理此类投资时的记账方式和关注点与企业会计有所不同。例如，在购入国库券时，预算会计会关注事业基金的变动以及对外投资的增加；而在收回债券本息时，则关注资金的到账以及投资收益。
预算会计与企业会计在适用范围和会计核算基础等方面存在显著差异。预算会计主要服务于非营利性组织，以收付实现制为记账基础；而企业会计则服务于企业，以盈利为目标，采用权责发生制作为记账基础。了解这些差异对于正确应用不同类型的会计以及做出明智的财务决策至关重要。
