母公司兼并子公司不需要缴纳增值税。因为公司合并是指合并方购买被合并企业的净资产并向其股东支付对价，不涉及增值税的缴纳问题。根据相关税务公告，通过合并方式将全部或部分实物资产及与其相关的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人，也不属于增值税征收范围。而涉及的非现金资产所有权转让则需要进行流转税处理，可能涉及其他税种，如土地增值税。
公司合并与资产收购是两个不同的概念。资产收购涉及非现金资产的交易，由于所有权发生转移，会涉及增值税的缴纳。而公司合并，特别是当母公司兼并子公司时，情况有所不同。
一、公司合并过程中的增值税问题
在公司合并过程中，合并方购买被合并企业的净资产并向其股东支付对价。这种情况下，资产的所有权并非直接从一个企业转移到另一个企业，而是随着企业的合并整体转移。根据《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号），这种通过合并方式进行的资产转移不属于增值税的征收范围。
二、具体法规规定
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）也明确指出，在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为不征增值税。
三、非股权支付额的处理
在合并过程中，如果合并方支付的非股权支付额涉及非现金资产，由于其所有权发生转让，应当按照规定进行流转税处理。其中，如果涉及房地产转移，还可能需缴纳土地增值税。
母公司兼并子公司时，基于公司合并的性质和相关法规规定，一般不需要缴纳增值税。这一过程中涉及的资产转移与单纯的资产收购不同，因此不涉及增值税的缴纳。
