被审计单位应收账款账面记录和函证回函不一致的原因包括：入账时间不同、记帐错误和可能存在舞弊行为。针对这些差异，注册会计师应实施审计程序，如分析差异原因、核实调节会计记录以及证实是否存在虚列应收或其他舞弊行为。
在被审计单位，应收账款的账面记录和函证回函出现不一致的情况，这是一个较为普遍而又重要的问题。究其原因，主要有以下几点：
一、原因解析
1.入帐时间差异：被审计单位与债务人之间的交易发生后，由于双方入帐时间的不同步，可能导致账面记录与函证回函存在时间上的差异。
2.记帐错误：无论是被审计单位还是债务人，任何一方或双方在记账过程中都可能出现错误，这包括数据录入错误、计算错误等，这些错误都会导致账面与回函的不一致。
3.舞弊行为：被审计单位可能存在虚列应收账款或其他舞弊行为，以达到某种不正当目的，这也是造成账面与函证回函不一致的一个重要原因。
二、审计程序应对措施
面对这种情况，注册会计师应采取以下审计程序来应对：
1.分析差异原因：首先，对函证结果的差异进行深入分析，了解差异的具体表现和产生原因。
2.核实记账情况：调节被审计单位与债务人的会计记录，确定双方是否存在记账错误，并对其进行修正。
3.舞弊行为查证：通过一系列的审计手段，如交易核查、资金流分析等，来证实被审计单位是否存在虚列应收帐款或其他舞弊行为，并依法依规进行处理。
对于被审计单位应收账款账面记录和函证回函不一致的问题，注册会计师需深入分析其原因，并采取有效的审计程序来确保财务信息的真实性和准确性。
